1) Tomáš Klinkovský (1994): Modelování a počítačové analýzy v oblasti fluorescence chlorofylu a zelených rostlin. (školitel L. Dvořák)
2) Petr Ilík (1995): Vysokoteplotní změny fluorescence chlorofylu a in vivo a jejich použití k charakteristice stavu fotosyntetického aparátu rostlin. (školitel J. Nauš)
3) Jiří Kalina (1996): Analýza funkce fotosyntetického aparátu smrku pod vlivem zvýšené koncentrace CO2 a synergického působení nadměrné ozářenosti a nízkých teplot. (školitel J. Nauš)
4) Jan Švec (1996): Studium mechano-akustických vlastností zdroje lidského hlasu. (školitel J. Pospíšil)
5) Martin Čajánek (1998): Změny distribuce excitační energie v thylakoidní membráně v listu pod vlivem fyzikálních stresů. (školitel J. Nauš)
6) Pavel Pospíšil (1998): Temperature dependence of chlorophyll fluorescence in vivo – experimental and theoretical approach. (školitel J. Nauš)
7) Robert Kuropatwa (1998): Temperature dependence of chlorophyll a fluorescence in vivo. (školitel J. Nauš)
8) Dušan Lazár (1999): Experimental and theoretical studies of the in vivo chlorophyll a fluorescence transient : OKJIP. (školitel J. Nauš)
9) Hana Bartošková (2000): Dynamic changes in the photosynthetic apparatus of the moss Rhizomnium punctatum (Hedw.) induced by water and osmotic stresses. (školitel J. Nauš)
10) Martina Matoušková (2000): Chlorophyll fluorescence induction as a tool for study of water deficit and herbicide effects on plants. (školitel J. Nauš)
11) Jiří Skotnica (2000): Thermoluminescence of higher plant leaves. (školitel L. Dvořák)
12) Robert Bajgar (2002): Identification and Reconstitution of Mitochondrial ATP-Sensitive Potassium Channel. (školitel L. Dvořák)
13) Miroslav Vařecha (2002): Structural and Functional Characterization of Uncoupling Proteuins UCO1, UCP2, and UCP3. (školitel L. Dvořák)
14) Otmar Urban (2002): Spatial differentiation of the CO2 assimilation activity within Norway spruce canopy under the impact of elevated CO2 concentration. (školitel M. V. Marek)
15) Irena Kurasová (2002): Acclimation of the photosynthetic apparatus of higher plants to different irradiances. (školitel V. Špunda)
16) Jan Vrána (2002): Analýza a třídění chromozómů rostlin pomocí průtokové cytometrie. (školitel J. Doležel)
17) Roman Kouřil (2002): Effect of heat stress on photosynthetic apparatus of plants studied by means of chlorophyll a fluorescence temperature curve. (školitel J. Nauš)
18) Pavel Tomek (2003): Chlorophyll a fluorescence rise and its application for study of photosystem II heterogeneity. (školitel J. Nauš)
19) Mirka Šprtová (2004): Studium odezvy asimilačního aparátu lesních dřevin na dlouhodobě působící zvýšený příkon UV-B radiace. (školitel M. V. Marek)
20) Jan Bartoš (2004): Využití průtokové cytometrie pro analýzu jaderného genomu rostlin. (školitel J. Doležel)
21) Michal Štroch (2006): Photochemical and non-photochemical deexcitation processes in relation to acclimation of the photosynthetic apparatus of higher plants to different irradiances. (školitel V. Špunda)
22) Pavlína Kovářová (2006): Analýza gemonu rostlin pomocí laserové průtokové cytometrie. (školitel . J. Doležel)
23) Radek Kaňa (2007): Influence of higher temperatures on the photosynthetic rate and light dependency of this rate. (školitel O. Prášil)
24) Vladimíra Hlaváčková (2007): Systemic response of plants to local wounding and related signalling pathways. (školitel J. Nauš)
25) Petr Sušila (2008): Theoretical models of the fluorescence curves on leaves. (školitel J. Nauš)
26) Martin Navrátil (2008): Spectral characteristics of solar radiation within plant canopies. (školitel J. Nauš)
27) Eva Kotabová (2008): Mechanismy zapojené do ochrany fotosyntetického aparátu před oxidativním poškozením. (školitel P. Ilík)
28) Iva Šnyrychová (2008): Production of reactive oxygen species in thylakoids: EPR spin trapping approach. (školitel P. Pospíšil)
29) Alexandra Husičková (2010): A cytokinin potion in plant lives: almost as miraculous as light. (školitel M. Špundová)
30) Marika Janovská (2010): Interaction of small organic molecules with the sodium pump. (školitel M. Kubala)
31) Jiří Jablonský (2010): Mathematical modeling of the photosynthetic processes. (školitel D. Lazár)
32) Jiří Frolec (2010): Changes in higher plants induced by a defined heating regime and heat stress-related plant recovery. (školitel J. Nauš)
33) Vítězslav Jiřík (2012): Vliv nízkofrekvenčního magnetického pole na výskyt dětské leukemie v České republice. (školitel L. Pekárek)
34) Christian T. Herbst (2012): Investigation of glottal configurations in singing. (školitel J. G. Švec)
35) Jitka Prokopová (2012): Vliv biotrofních houbových patogenů na fotosyntézu hostitele. (školitel M. Špundová)
36) Tereza Suchánková (2012): Interaction of selected transion-metal based complexes with biomacromolecules. (školitel J. Kašpárková)
37) Rakesh Kumar Sinha (2012): Generation of reactive oxygen species by photosystem II. (školitel P. Pospíšil)
38) Anshu Rastogi (2012): Involvement of reactive oxygen species in biophoton emission from living system. (školitel P. Pospíšil)
39) Jarmila Mlčoušková (2012): Biophysical analysis of mechanism underlying antitumor effects of new anticancer drugs. (školitel V. Brabec)
40) Helena Kyseláková (2012): Obranné mechanismy rostlin proti oxidativnímu stresu. (školitel P. Ilík)
41) Tereza Muchová (2013): Factors affecting biological effects of metallodrugs. (školitel V. Brabec)
42) Ankush Prasad (2013): Ultra-weak photon emission as a non-invasive method for monitoring oxidative radical reaction. (školitel P. Pospíšil)
43) Radana Olivová (2013): The study of interactions between antitumor effective heavy metal compleses with biomacromolecules using molecular biophysics methods. (školitel V. Brabec)
44) Deepak Kumar Yadav (2013): Molecular mechanisms of production and scavenging of reactive oxygen species in photosystem II of higher plants. (školitel P. Pospíšil)
45) Jitka Prachařová (2013): Role modifikací DNA komplexy kovů v terapii rakoviny. (školitel J. Kašpárková)
46) Jan Hlavinka (2014): The study of physical and chemical signaling pathways related to light, abiotic and biotic stresses.(školitel J. Nauš)
47) Michaela Frýbortová (2014): Molekulární biofyzika a farmakologie nových protinádorově účinných metalofarmak. (školitel V. Brabec)
48) Miroslav Huličiak (2014): Interakcie Na+/K+-ATPázy s biologicky aktívnymi látkami. (školitel M. Kubala)
49) Marek Rác (2015): The formation of electronically excited species in cell suspension. (školitel P. Pospíšil)
50) Vojtěch Novohradský (2015) Modifikace biomakromolekul metalofarmaky: zdokonalení teoretického zázemí pro vývoj nových léčiv proti rakovině. (školitel J. Kašpárková)
51) Pedro Amarante Andrade (2015) Investigations on semi-occluded vocal tract excercises in therapy and on head posture in singing. (školitel J. G. Švec)
52) Vít Hampala (2015) Vibration and morphology of the vocal folds studied by excised larynx experiments, electroglottography, high-speed imaging, and computed tomography. (školitel J. G. Švec)
53) Michal Biler (2017) Tracking optical properties and antioxidant activities of polyphenols by joint theoretical and experimental approaches. (školitel M. Kubala a P. Trouillas, českofrancouzské double-degree studium)
54) Lukáš Nosek (2017) Structural characterization of photosynthetic supercomplexes in plants. (školitel R. Kouřil)
55) Václav Karlický (2017) Spectral characteristics of photosynthetic pigments and their relation to structure-functional aspects of pigment-protein complexes in vivo and in vitro. (školitel V. Špunda)
56) Juraj Zajac (2017) Mechanistické studie zaměřené na poznání mechanismu toxických účinků komplexů přechodných kovů v nádorových buňkách. (školitel V. Brabec)
57) Hui Lyu (2017) Mathematical modelling of photosynthetic processes - studies on the light-induced electric potential difference (ΔΨ), the pH difference (ΔpH), the proton motive force (pmf) and the counter-ion movement across the thylakoid membrane in leaves of the C3 plants. (školitel D. Lazár)
58) Ravindra Sonajirao Kale (2017) Role of reactive oxygen species in oxidative damage and dynamic nature of PSII-LHCII supercomplexes. (školitel P. Pospíšil)
59) Jaroslava Šeflová (2018) The sodium-potassium ATPase - expression, purification and its interactions with small molecules. (školitel M. Kubala)
60) Tibor Stolárik (2018) Light-independent biosynthesis of chlorophylls in gymnosperms. (školitel A. Pavlovič)
61) Petra Čechová (2018) Computational simulations of Na+/K+-ATPase and its interactions with small molecules. (školitel M. Kubala)
62) Ketaki Vasant Phadke (2019) Selected topics in laryngeal, perceptual and acoustic assessment of human voice: Videokymographic evaluations of vocal folds and investigations of teachers´ voices. (školitel J.G. Švec)
63) Helena Janečková (2019) Effects of cytokinins on maintanance of photosystem II function during induced senescence. (školitel M. Špundová)
64) Ondřej Hrabina (2020) Energetika, konformace a rozlišení DNA poškozené protinádorově účinnými metalofarmaky. (školitel V. Brabec)
65) Aditya Kumar (2020) Oxidative stress in higher plants studied by novel experimental approaches. (školitel P. Pospíšil)
66) Zuzana Kučerová (2021) Biological activity of substances with a strong antisenescence effect. (školitel M. Špundová)
67) Monika Hreusová (2021) Faktory ovlivňující biologické účinky metalofarmak. Vztah k protinádorové účinnosti. (školitel V. Brabec)
68) Hana Crlíková (2021) Spektrum buněčných a molekulárních odpovědí na protinádorově účinné sloučeniny v lidských rakovinných buňkách. (školitel J. Kašpárková)
69) Ondřej Kocáb (2021) Regulace enzymatických aktivit v masožravých rostlinách. (školitel A. Pavlovič)
70) Rameez Arshad (2022) Supramoleclar structures of thylakoid membrane protein complexes. (školitel R. Kouřil a E.J. Boekema, českonizozemské double-degree studium)
71) Jana Jakšová (2022) Jasmonátová signální dráha: od obrany k masožravosti rostlin. (školitel A. Pavlovič)